Respostas:
O manual do usuário declara:
Pausar pausará o (s) trabalho (s) de torrent selecionado (s), mas na verdade não o interromperá. Isso diz ao µTorrent para tentar manter as conexões com os pares sem precisar restabelecê-las, como seria necessário para iniciar trabalhos de torrent interrompidos. É útil para quando você precisa de acesso rápido à largura de banda. Perceba que, embora o µTorrent não descarte as conexões por conta própria, a conexão ainda poderá ser descartada pelo cliente na outra extremidade da conexão.
Stop interrompe os trabalhos de torrent selecionados. Todas as conexões com os pares são descartadas.