A única maneira que vejo para tornar isso possível é usar os mecanismos de proteção por senha do Parallel ATA (também conhecido como IDE). A especificação PATA permite definir uma senha do disco rígido:
senhas e segurança do disco rígido
O bloqueio do disco é um recurso de segurança interno do disco. Faz parte da especificação ATA e, portanto, não é específico para nenhuma marca ou dispositivo.
( http://en.Wikipedia.org/wiki/AT_Attachment#HDD_passwords_and_security )
Se o disco estiver protegido por senha, você precisará da senha para desbloqueá-lo antes que possa ser acessado.
No entanto, prefiro desaconselhar o seguinte: Esse recurso do ATA raramente é usado, e você precisa de um software especial no computador host para usá-lo (que, por sua vez, normalmente precisa de privilégios de administrador para instalar no computador host). Também não tenho certeza de que funcione com unidades removíveis e acredito que o Serial ATA não o possui. Finalmente, ele pode ser derrotado usando um software especial (ou ajustes de hardware) na maioria das unidades (embora isso possa ser complicado).
Fora isso, não acredito que haja uma solução para o seu problema. Se você deseja impedir que outras pessoas leiam ou manipulem os dados, a criptografia (especificamente a criptografia de disco completo / FDE) é o caminho a seguir, por exemplo, TrueCrypt. Isso é razoavelmente multiplataforma, utilizável e seguro. No entanto, isso não impedirá que alguém formate a unidade.
Quanto à proteção contra formatação:
Se você deseja impedir que as pessoas destruam os dados na unidade, é necessário mantê-los fisicamente protegidos. Se alguém apenas quer destruir os dados, pode danificar a unidade ...