Se você estiver abrindo um documento existente do Word 2003, provavelmente ele não foi criado usando o modelo Normal.dotm modificado personalizado. Por isso, ele não adere ao estilo de ênfase intensa que você definiu para os novos documentos. Você pode fazer essa mesma alteração no estilo Intense Emphasis no documento existente e, em seguida, salvá-lo ou pode usar o Import Styles * para copiar a definição de estilo de seu modelo Normal.dotm. Então, na próxima vez que você abrir o mesmo documento, ele deverá manter a alteração feita.
Infelizmente, a única maneira de fazer com que essa mudança de cor se aplique a todos esses documentos envolve viajar de volta no tempo para antes de eles terem sido criados e depois modificar o estilo de Normal.dotm no sistema do autor original (seja você mesmo ou outra pessoa).
* Este link contém instruções para usar o comando Importar estilos, escrito no contexto do Word 2010, mas o processo deve ser muito semelhante em 2007, se não idêntico.