Somente um processo Eclipse pode acessar a área de trabalho a qualquer momento. Então você tem estas opções:
Um usuário observa apenas o outro se desenvolver
Você copia o espaço de trabalho
Você salva os projetos em um sistema de controle de versão como Mercurial ou Subversion, para que cada desenvolvedor possa obter sua própria cópia e mesclar seu trabalho com o restante da equipe.
Copie a pasta da área de trabalho e exclua a pasta ".metadata". Exporte as preferências no Eclipse, inicie uma segunda cópia, alterne a área de trabalho (deve perguntar durante a inicialização; caso contrário, use o item no menu Arquivo) e importe as prefs.
Você deve importar os arquivos novamente. Basta selecionar a nova pasta da área de trabalho no assistente "Importar Projeto Existente" e ela deverá mostrar todos os projetos de uma só vez.