Respostas:
As unidades flash USB geralmente não vêm com firmware programável ou acessível. Geralmente, é apenas um chip de driver USB com alguns chips de memória flash. Só por minha curiosidade, por que você faria isso de qualquer maneira?
Na verdade, existem utilitários por aí que fazem algo relacionado a alguns controladores de armazenamento em massa USB. O "MPTool" é um deles, embora eu não entenda como ele funciona ou que tenha conseguido reprogramar uma unidade. Suspeito que utilitários semelhantes sejam usados para criar um disco flash USB por pessoas sem escrúpulos que deturpam sua capacidade, e essa capacidade deve estar presente para a maioria dos controladores.
Encontrei este site e, eventualmente, encontrei um download do MPTool, mas realmente não sei como usá-lo. Talvez você possa ir mais longe do que eu.
Ainda estou pesquisando as ferramentas para isso, mas um bom recurso para qualquer tipo de firmware USB é do próprio OEM. Nesse caso, consulte http://www.ftdichip.com/Firmware/Precompiled.htm para obter os códigos e manuais pré-compilados.
A maioria dos dispositivos se enquadra em três categorias:
Um exemplo disso é o hak5 ducky ou o seu dispositivo Android, onde o software controla o firmware VDAP alternando um único bit que é relatado de volta ao sistema operacional.
ChipEasy
ouChipGenius
...