Não tenho certeza de como isso funciona, mas você pode ter um disco rígido inteiro criptografado e pode ser o seu disco rígido principal com Mac OS / X ou é mais apenas para dados apenas? isto é, além dos arquivos base os.
Questão semelhante no apple.se: Quais são as minhas opções para a criptografia completa do sistema (ou pelo menos o diretório inicial)?
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sleske