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Existe um pacote chamado hexedit que aparece na pesquisa de pacotes do Cygwin, que eu assumo ser uma porta da mesma ferramenta que está disponível na maioria das distribuições Linux com o mesmo nome.
Eu usei o referido utilitário (como instalado a partir dos repositórios Debian) no Linux, e ele fez o trabalho que eu queria que ele fizesse. Eu não tentei a versão no Cygwin, portanto, poderia ser uma ferramenta diferente com o mesmo nome.
O vi e o Emacs podem fazer isso e ambos estão disponíveis no Cygwin.
Observe que o Emacs e o vi podem ser executados em um console ou no modo de janela.
vié miserável para editar o binário, se você precisar inserir ou excluir bytes! Infelizmente, o xxd parece não ter uma maneira de omitir o deslocamento, além de usar o estilo PDF (completamente não formatado).
Eu já usei bvi. Sua página inicial está no sourceforge e há um pacote Cygwin para ele. Como o nome indica, sua interface do usuário é muito parecida vi.