O problema descrito na pergunta acontece quando um documento vazio / novo é definido como "ANSI" e caracteres Unicode são colados nele.
Não há detecção automática quando usado com um documento vazio / novo, pelo menos não na versão do Notepad ++ que eu testei (v5.4.5). "ANSI" é o padrão no Notepad ++ para um novo documento, a menos que definido no menu Configurações → Preferências → guia Novo Documento / Abrir Diretório Salvar .
Solução
A solução é definir a codificação para UTF-8 antes de colar, menu Formato → Codificar em UTF-8 :
Exemplo
Copiei algum texto para um novo documento do Notepad ++, o russo (русский язык, russkiy yazyk) , do Firefox, mostrando o idioma russo da página da Wikipedia .
Se a codificação não for alterada de "ANSI", este é o resultado:
Se a codificação for alterada, este é o resultado:
Como pode ser visto na figura abaixo (a parte cirílica é destacada), o Notepad ++ na verdade converte os caracteres Unicode em ASCII 63 (hexadecimal 3F), pontos de interrogação. É por isso que os caracteres Unicode são perdidos (em "ANSI" mode) quando copiar o texto para fora através da área de transferência (isto é não uma questão da fonte - informação é perdida).
Testado em: Notepad ++ v5.4.5 (UNICODE).