Pergunta interessante. Bem, parece haver 2 obstáculos, o maior dos dois seria várias instâncias do Windows. Para superar esse desafio, você pode usar máquinas virtuais. Use um único host e crie 2 máquinas virtuais e arraste cada VM em uma tela.
Para superar seu problema com dispositivos de entrada, encontrei um artigo em uma ferramenta encontrada por alguém que estava tentando fazer algo semelhante. Ele olha como ele lida com vários dispositivos de entrada. Você precisaria instalá-lo nas duas VMs e, com sorte, conseguir isolar um conjunto de dispositivos para que cada VM tenha seu teclado e mouse dedicados.
Aqui está o link para esse artigo:
Como usar vários teclados e ratos em um computador