Uma diferença entre abrir pastas em um processo separado ou não tem a ver com a forma como as caixas de diálogo de copiar, mover, excluir e renomear são apresentadas. Pelo que li do Windows Insiders, quando as pastas são abertas em um processo separado, todas as caixas de diálogo de transferência são exibidas abaixo (UNDER) de todas as outras janelas abertas - até alertas que exigem sua atenção imediata (como em conflitos de arquivos). Aparentemente, deixando "Iniciar pastas do Windows em um processo separado" em sua configuração padrão com a opção Desmarcada, as caixas de diálogo de transferência de arquivos aparecem como você esperaria que elas: No topo de todas as outras janelas abertas. Para mim, isso decide: estou deixando desmarcada.