A maneira de "mixagem" de estéreo para mono em qualquer arquivo suportado no ffmpeg é assim:
ffmpeg -i file.ext -ac 1 file_mono.ext
O bit "-ac 1" instrui o ffmpeg a emitir apenas 1 canal de áudio, ou seja, mono. Por padrão, esta operação preservará o formato do arquivo, mas reverterá a taxa de bits para o padrão ffmpeg de 64kbs. Se você deseja uma taxa de bits mais alta, pode:
ffmpeg -i file.ext -ac 1 -ab 192k file_mono.ext
... substituindo 192k pela taxa de bits preferida.
Observe que sua instalação do ffmpeg deve suportar seu codec GSM específico para que funcione corretamente. Eu sei que algum áudio codificado GSM é suportado no ffmpeg através do libgsm, mas eu nunca lidei com arquivos GSM. No entanto, converti com sucesso outros tipos de arquivos (MP3) para mono sem problemas.