Você pode usar o gsview
Instale o GSview no computador. Converta file1.pdf e file2.pdf para o formato PostScript (.ps). No Adobe Acrobat Reader, isso pode ser feito com Arquivo -> Abrir .. arquivo1.pdf, Arquivo -> Imprimir ... -> Selecione uma impressora PostScript -> marque Imprimir no arquivo -> OK. Escreva file1.ps em Nome do arquivo: -> OK.
Repita essas etapas para converter file2.pdf em file2.ps. Neste exemplo, supõe-se que os arquivos sejam salvos no diretório c: \ tilap \.
Não é necessário ter uma impressora PostScript. Um driver para ele pode ser instalado mesmo se já houver alguma outra impressora conectada ao computador.
Abra o Bloco de notas (ou algum outro editor de texto), copie e cole o seguinte snippet de código PostScript em um editor. Edite o código para corresponder ao diretório em que file1.ps e file2.ps foram salvos. Lembre-se de usar \ em vez de \ nos nomes dos caminhos. Salve os resultados em algum diretório como file12.ps.
%!PS
% Written by Helge Blischke, see
% http://groups.google.com/groups?ic=1&selm=3964A684.49D%40srz-berlin.de
%
% The following 2 procs encapsulate the jobs to be processed
% much as is done with EPS images:
/_begin_job_
{
/tweak_save save def
/tweak_dc countdictstack def
/tweak_oc count 1 sub def
userdict begin
}bind def
/_end_job_
{
count tweak_oc sub{pop}repeat
countdictstack tweak_dc sub{end}repeat
tweak_save restore
}bind def
% Now, add your jobs like this:
_begin_job_
(c:\\tilap\\file1.ps)run
_end_job_
_begin_job_
(c:\\tilap\\file2.ps)run
_end_job_
% and so on.
Inicie o GSview para visualizar os arquivos PostScript mesclados. Arquivo -> Abrir ... -> file12.ps. ... e converta-o novamente em PDF: Arquivo -> Converter ... -> Dispositivo: pdfwrite -> OK -> file12.pdf
Outras alternativas incluem o CutePDF Writer & PDF Toolkit