Seu problema foi explicado no wiki do software
Configurações
Os administradores de sistemas podem configurar as coisas editando /etc/xdg/user-dirs.conf. No momento, existem apenas duas configurações, você pode desativar a coisa toda e especificar a codificação de conjunto de caracteres usada para nomes de arquivos. Eles também podem definir ou alterar os diretórios padrão e seus valores iniciais em /etc/xdg/user-dirs.defaults.
$ (XDG_CONFIG_HOME) /user-dirs.dirs especifica o conjunto atual de diretórios para o usuário. Esse arquivo está em um formato de shell, portanto, é fácil acessar a partir de um script de shell. Este arquivo também pode ser modificado pelos usuários (manualmente ou via aplicativos) para alterar os diretórios utilizados. Nota: Para desativar um diretório, aponte-o para o homedir. Se você excluí-lo, ele será recriado no próximo login.
Para que você ~/.config/user-dirs.dirs
possa ser modificado como
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME"