Eu o manteria no formato original, conforme extraído da câmera. O formato DV é um padrão IEC e provavelmente legível por algum tempo. É um formato difundido (seu uso se estende à indústria, não apenas ao mercado de câmeras de vídeo domésticas) e, portanto, é provável que seja algo que possa ser extraído muitos anos depois.
Se realmente quiser converter agora (para reduzir os requisitos de armazenamento), diria que o mpeg 4 pode ser uma boa escolha (com as configurações de compactação voltadas para 'compactação mínima', é claro). A razão pela qual digo isso é que o mpeg-4 é um padrão MUITO amplamente adotado, tornando-o novamente legível por muitos anos no futuro.
Outra boa opção para provável legibilidade futura (embora não necessariamente para a qualidade ou compactação do vídeo) é armazenar o vídeo como uma série de DVDs (reproduzíveis na televisão). O grande número de DVDs existentes hoje torna provável que a leitura de DVD seja popular por muitos anos no futuro.
Para máxima previsão absoluta de futuro (embora não vá tão longe a ponto de armazenar o computador e o software originais!), Eu diria que você deve armazenar o máximo de conversões possível do vídeo, ao lado do vídeo original. Isso maximiza a chance de um dos formatos que você escolher sobreviver ao teste do tempo.
Você também terá que ter cuidado para acompanhar sua mídia e garantir que as coisas nas quais você armazena tudo não estão indo mal, mas você precisa fazer isso, independentemente do formato do vídeo.