Reinstale o seu software.
Infelizmente, não há como trabalhar para que sua nova instalação do Windows reconheça as antigas instalações de software. Seus dados e tudo o que você deseja ainda estão lá, mas os aplicativos do Windows geralmente instalam DLLs e outras dependências nas pastas do sistema e adicionam informações ao seu Registro. A única maneira de recuperar isso exatamente como o aplicativo esperaria é reinstalando-o.
Não há nenhum benefício em instalar o aplicativo em uma unidade / partição separada. Há todo o benefício em isolar seus documentos e outros dados do usuário em uma unidade / partição separada.