Lembro-me de fazer isso há muito tempo e esqueci como eu o fiz. Eu gosto de fazer isso quando tenho arquivos html ou php longos para editar e preciso de parte do código mais abaixo no arquivo em um local mais próximo ao topo, ou quando quero comparar partes diferentes do mesmo arquivo.
Havia uma maneira de fazer isso sem abrir duas instâncias do Notepad ++ e, quando cliquei em salvar, ele fez as alterações salvas nas duas instâncias do arquivo aberto (enquanto que se eu tiver duas janelas do Notepad ++ abertas simultaneamente, ele solicitará que atualizar ou não atualizar a segunda instância aberta se a primeira foi salva no meio do caminho.)