O Process Explorer pode fazer isso muito bem. Você usa o ícone na barra de ferramentas na parte superior, que parece um ícone de destino (fica ao lado dos binóculos). Assim que você pressiona, seu cursor se transforma no ícone de destino e a janela do explorador de processos fica oculta. Arraste-o sobre a janela que você deseja remover e solte o botão do mouse. O processo que criou essa janela ficará oculto dentro da interface do usuário do Process Explorer. Você pode controlar o processo nesse ponto normalmente (ou seja, pressionando a deltecla)
EDIT : Ah, e isso deve funcionar para qualquer versão do Windows NT como nova ou mais recente que o Windows XP, não apenas o Windows 7.