área de trabalho remota com várias sessões independentes

Eu estou procurando uma alternativa para comprar licenças de desktop remoto MS.

Existe algum software que permita sessões independentes em uma máquina como o MS RDP?

Isso é grátis? Não.

Citrix faz algo comparável ao Windows RDP Server, mas não é gratuito (ou realmente menos que o Windows RDP Server).

Você já considerou Máquinas Virtuais? Você pode executar várias instâncias do Windows em uma máquina, cada uma permitindo que um usuário efetue login. É claro que você precisará de várias licenças para o sistema operacional Windows que estiver executando. Isso pode não ser mais acessível.