Com a chmodvariante de comando único GNU (no Ubuntu) (iniciando no diretório atual):
chmod -R -x+X .
Explicação:
-R - operar recursivamente
-x - remova sinalizadores executáveis para todos os usuários
+X - defina sinalizadores executáveis para todos os usuários, se for um diretório
Nesse caso, o capital Xaplica-se apenas aos diretórios porque todos os sinalizadores executáveis foram limpos por -x. Caso contrário, +Xdefine sinalizadores executáveis também se o sinalizador foi originalmente definido para qualquer usuário, grupo ou outros.
Com o BSD chmod(presente no Mac OS X), você deve fazer isso separadamente em dois comandos:
sudo chmod -R -x * && sudo chmod -R +X *
(Se você também deseja incluir arquivos ocultos no diretório principal, é necessário alterar * para. (Point), mas ele não foi testado.)