Sim.
A maneira mais fácil é montar a partição do Windows no Ubuntu e apontar o torrent para a pasta que contém o download parcial. Tentar seguir o caminho inverso requer drivers ext2ifs e nem sempre funciona bem. O Ubuntu vem com um driver NTFS embutido, tornando as coisas um pouco mais fáceis :)
Após adicionar o torrent ao cliente Linux, o arquivo será verificado (pode demorar algum tempo, dependendo do tamanho) e, após a verificação da quantidade baixada, ele continuará. Eu recomendaria usar o mesmo cliente nos sistemas operacionais para simplificar um pouco as coisas. O dilúvio é uma boa escolha e possui recursos de criptografia embutidos.