Para o Firefox, existe o complemento Salvar documento automaticamente, que pode armazenar o documento atualmente exibido em um diretório separado automaticamente ao navegar em um determinado site. Infelizmente, tem algumas limitações. Os documentos são armazenados apenas como texto html (sem objetos incorporados, como imagens etc.), e há um limite de 100 páginas. Portanto, não tenho certeza se ele pode atender às suas necessidades.
Outro complemento do Firefox é o Read It Later . Pode salvar páginas em uma lista de leitura com apenas um clique. Não é totalmente automático, então você precisa clicar na pequena seta ao lado da barra de localização sempre que quiser salvar uma página.