As únicas referências que vejo no GIT no Aptana Studio 3 (a versão autônoma) estão nas preferências em que o único campo é identificar um executável (preciso fazer isso?) E importar um projeto, onde ele solicita uma interface de usuário do repositório. Não vejo lugar para configurar informações do usuário para um repositório específico e, se precisar instalar um plug-in, não há lugar para fazer isso.