Ethernet é independente de protocolo. Os dispositivos conectados a uma Ethernet enviam pacotes contendo dados usando IPv4, IPv6, IPX ou algum outro protocolo. Cabe aos dispositivos conectados (seu PC, por exemplo) entender o protocolo.
Em termos da pilha de rede, a Ethernet é o nível 2 (Data Link) na pilha. A fiação entre seus dispositivos é de nível 1 (físico). Essas camadas são simplesmente um tubo que pode transportar qualquer número de protocolos. Vários protocolos podem ser transportados ao mesmo tempo.
IPv4 e IPv6 são de nível 3 (Rede). A pilha dupla não é nova e, há alguns anos, a pilha dupla era IPv4 e IPX. Quando um pacote chega, o computador precisa determinar para qual pilha entregar o pacote. Para IPv4 e IPv6, é fácil fazer isso, pois é codificado nos 4 primeiros bits do pacote.
O TCP e o UDP, que estão na camada Transporte (nível 4), executam igualmente bem o IPv4 e o IPv6. Em alguns casos, eles podem alternar do IPv4 para o IPv6 ou vice-versa entre os dois pontos finais. Existe um esquema de endereçamento que permite que um endereço IPv4 seja codificado como um endereço IPv6, permitindo que apenas dispositivos IPv6 endereçam dispositivos apenas IPv4. É necessário um dispositivo de conversão de protocolo no meio para que isso funcione.
Pode haver uma pequena vantagem de latência na ligação do IPv4 a um adaptador e do IPV6 a outro. Isso seria útil apenas se os protocolos não fossem roteados pelo mesmo link em algum momento. A execução de transferências no mesmo roteador pode ser um pouco mais rápida se diferentes protocolos forem usados. Eu reservaria a segunda interface para uma segunda zona de segurança ou para compartilhamento de rede.