Eu tive os mesmos problemas com a tela bloqueada e muito mais ao usar o emacs na tela. Por exemplo, o Ca no emacs, que leva você ao início da linha, é interceptado pela tela e não funciona.
SOLUÇÃO:
Crie um arquivo .screenrc no diretório inicial com o seguinte:
#Change escape character to C-u
escape "^uu"
#unbind ctrl+s from xoff in order to be able to search in emacs
bind s
bind ^S
#unbind ctrl+x from lockscreen in order to be able to save in emacs
bind x
bind ^X
Cada vez que você abre uma nova tela em vez de usar o Ca, precisa usar o Cu para inserir um novo comando de tela. As outras duas mudanças cuidam de mais algumas coisas que eu precisava mudar para poder usar o emacs sob tela sem problemas.