sobrescrever o cabeçalho de um arquivo sem copiar o arquivo inteiro

Considerando que tenho dois arquivos, um arquivo grande e um arquivo pequeno, desejo gravar o arquivo menor no arquivo grande sem substituir a parte restante do arquivo maior.

Ambos são arquivos binários, e o arquivo grande pode se tornar muito grande; portanto, evito copiar o arquivo inteiro, pois isso levará algum tempo. Existe algum utilitário de console padrão do Linux para fazer isso, ou eu mesmo preciso escrever?

Isso substituirá o início do large-fileconteúdo de small-file:

dd if=small-file of=large-file conv=notrunc

Não entendo bem o que você quer dizer, mas você pode usar cat:

cat smallfile >> largefile

Isso será anexado smallfilea largefile.