O HTTrack é uma boa opção - ele cria um ebook a partir de um site: Ele está disponível para download aqui:
https://www.httrack.com/
HTTrack "permite que você baixe um site da Internet para um local diretório, criando recursivamente todos os diretórios, obtendo HTML, imagens e outros arquivos do servidor para o seu computador. O HTTrack organiza a estrutura de links relativa do site original. "
Em seguida, você pode converter o HTML em um EPUB, AZW3 ou PDF usando o Caliber ou qualquer outro software de conversão de HTML para epub.
Uma segunda opção para converter diretamente para EPUB é o EpubPress: possui extensões para permitir o uso do Firefox (somente v44.0 +) ou Chrome. Para usar este software, você precisa abrir uma janela do navegador. Cada guia é essencialmente um 'capítulo' no seu e-book. Organize as guias na ordem de aparência desejada e ative o epubpress - ele fará o download e organizará as guias na ordem de aparência, no formato .epub. Espero que isto ajude!
* No entanto, observe que o EpubPress baixa páginas da web distintas - e não um 'site', no HTTrack. Para baixar um site com o EpubPress, você deve abrir cada link no site como uma guia separada e usar o Epubpress para coletar esses links no formato .epub.