Os cookies de terceiros são usados para várias coisas, a maioria relacionada à publicidade. As pessoas parecem recuar quando ouvem a palavra "publicidade", que eu acho que é uma reação estranha.
A maioria dos sites gratuitos é possível devido a anúncios; os cookies de rastreamento ajudam a manter esses anúncios relevantes (ou melhor, tentar torná-los relevantes), o que significa que o editor / site pode cobrar mais por eles e, assim, reduzir a pressão do anúncio sobre o usuário (é uma luta constante manter a receita com anúncios enquanto ao mesmo tempo, não perdendo usuários devido a anúncios).
Eles também são usados para itens como limite de frequência - se um site parece particularmente irritante, com anúncios precedentes antes de cada vídeo ou pop-ups in-page em todas as páginas, pode ser porque os cookies de terceiros estão desativados. Se você tiver, não há como o servidor de anúncios saber se você já foi submetido a esse anúncio (normalmente, um anúncio intrusivo é exibido uma vez por usuário e dia, embora isso varie bastante com o site e o país).
Em suma, sim, eles podem ser abusados (como a maioria das ferramentas). Mas a maioria dos usos é legítima e não prejudicará o usuário de forma alguma.