1) Sim, é possível acessá-lo a partir da Liunx. Como outros explicaram, o ntfs-3g é capaz de lidar com ntfs compactados.
2) confiabilidade: a compactação está em NTFS há muito tempo (desde o Windows NT, consulte http://www.ntfs.com/ntfs-compressed.htm ). Não vejo nenhum problema de confiabilidade no Windows. Não tenho tanta certeza sobre implementações que não são do Windows (por exemplo, Linux). Se sua única preocupação é ler os dados no linux, isso não representa um problema de confiabilidade (montar somente leitura é uma boa idéia ao restaurar backups de qualquer maneira).
Os dados também são compactados no nível do cluster, que geralmente é de 4 kiB. Uma corrupção física do disco afeta apenas clusters únicos, não arquivos inteiros. Nesse sentido, os ntfs compactados devem ser tão confiáveis quanto os não compactados.
3) Desempenho: o artigo da KB que você menciona diz que o desempenho pode ser afetado em um sistema servidor , onde a CPU já está saturada. Em um sistema de desktop com uma CPU atual, como você descreve, o uso de NTFS compactados para backups não deve ter nenhum impacto significativo no desempenho. Pelo contrário, se você armazenar dados compactáveis, poderá realmente obter desempenho, pois possui menos E / S. Isso é especialmente verdade se a interface (USB 2.0) for lenta em comparação com a CPU. Eu acho que sua CPU deve ser capaz de saturar facilmente um link USB 2.0 escrevendo ou lendo NTFS compactados.
4) Se você definir o sinalizador de compactação para todo o sistema de arquivos, não deverá ter o problema de arquivos movidos não compactados.