A coisa mais segura a fazer é provavelmente ter as partições NTFS montadas como somente leitura e usar um cartão de memória USB ou partição formatada em FAT32 para transferir dados. Isso deve impedir a ocorrência de qualquer corrupção.
O arquivo de configuração que determina quais sistemas de arquivos são montados no momento da inicialização do computador é /etc/fstab. Ele lista o nome do dispositivo (partição) do sistema de arquivos, o ponto no sistema de arquivos no qual ele é montado (por exemplo, "/ mnt / Partition_Name") e várias opções que podem ser passadas para o driver do sistema de arquivos.
Existe um programa chamado PySDM que pode editar o arquivo para você e, aparentemente, você pode obtê-lo para Linux Mint nesta página .
Usando a imagem abaixo como exemplo, você precisará examinar a lista de partições até encontrar as partições relacionadas à sua instalação do Windows (verificando os pontos de montagem). Onde você vê o optionscampo abaixo, provavelmente terá algo parecido user,noexec. Você deseja manter as opções que já existem, mas adicione ro(apenas para leitura) à lista de opções (por exemplo user,ro,noexec:).
Após uma reinicialização, esperamos poder ler, mas não gravar, nas partições NTFS e, portanto, elas também deverão estar protegidas contra corrupção. Como mencionado anteriormente, um cartão de memória USB ou uma partição formatada para FAT32 deve ser segura para os arquivos necessários pelos dois sistemas. O Dropbox também é uma possibilidade de manter os arquivos sincronizados entre os sistemas.
Um pouco de informação sobre por que você pode estar recebendo a corrupção:
Windows e Linux em execução em um sistema são uma mistura de problemas quando se trata de trabalhar com os mesmos dados entre os dois sistemas operacionais. A Microsoft não deseja, nem motivos reais, fornecer à comunidade de código aberto detalhes sobre o funcionamento interno completo do sistema de arquivos NTFS (no momento em que este artigo foi escrito). Isso tende a significar que as implementações do NTFS no Linux podem ser um tanto incompletas ou carentes de recursos, embora elas tendam a acompanhar rapidamente as alterações.
A cada atualização sucessiva do Windows, a Microsoft atualiza o sistema de arquivos e o Linux fica em uma corrida para tentar atualizar e oferecer suporte a recursos para pessoas que desejam usar os dois sistemas ao mesmo tempo. Portanto, embora o Linux possa ler e gravar com segurança as partições NTFS do Windows XP, ainda não é tão confiável com as partições NTFS do Windows 7 (no momento em que este artigo foi escrito). Também é possível que diferentes tipos de Linux tenham versões diferentes dos drivers NTFS, e pode ser por isso que o Ubuntu estava bem, mas o Mint não. Se você estava usando o Windows XP com o Ubuntu, talvez fosse por isso que eles estavam trabalhando juntos.
Eu usei o Linux no passado, e sempre que compilei o kernel onde as opções NTFS estão localizadas, eu tive que habilitar conscientemente o suporte à gravação NTFS, pois era marcado como experimental e potencialmente perigoso (como você descobriu).
O FAT32 é um sistema de arquivos maduro, bem definido e não mudou por muitos anos, portanto, o suporte ao Linux é muito bom.
É perfeitamente possível que, após uma atualização no futuro, você possa ler e gravar partições NTFS sem medo de que isso aconteça, mas a Microsoft é propensa a um capricho e pode facilmente interromper o suporte no futuro.