Respostas:
Há um recurso em novas (er) compilações do Dropbox chamado Sincronização seletiva . Eu acho que você precisa pelo menos da versão 1.0. Se você não tem certeza, basta pegar a última versão estável de Aqui
A sincronização seletiva permite escolher as pastas que você deseja sincronizar com seu computador. Ele permite que você tenha mais controle sobre o que é sincronizado com seus dispositivos. É particularmente útil para usuários com espaço limitado no disco rígido em um dos computadores ou netbooks sincronizados com sua conta do Dropbox.
Então você ainda está sincronizando tudo com a sua conta do Dropbox, mas você pode selecionar o que você sincroniza com o (s) seu (s) computador (es)
Há um bom passo a passo com screenshots em Como fazer