ffmpeg(ou, mais provavelmente, o fork avconvse você estiver usando Debian ou Ubuntu - essas instruções devem se aplicar igualmente a ambos, embora ninguém saiba o quão distantes eles podem se afastar no futuro) devem estar nos repositórios de sua distribuição.
ffmpeg -i input.mp3 -c:a libvorbis -q:a 4 output.ogg
Para criar um diretório inteiro cheio de MP3s:
for f in ./*.mp3; do ffmpeg -i "$f" -c:a libvorbis -q:a 4 "${f/%mp3/ogg}"; done
Recursivamente, com find:
find . -type f -name '*.mp3' -exec bash -c 'ffmpeg -i "$0" -c:a libvorbis -q:a 4 "${0/%mp3/ogg}"' '{}' \;
Defina a qualidade da saída ajustando o valor de -q:a: para este codec, o intervalo é de 0 a 10 e mais alto fornece melhor qualidade.
Nas versões mais antigas do ffmpeg, você pode precisar usar -acodece, em -aqvez de -c:ae -q:a.
Obviamente, converter de um formato com perda para outro não é o ideal; mas assim é a vida.