Posso sugerir meu próprio PinyinTones IME, que faz exatamente o que o OP estava procurando:
É um IME do Windows que gera Pinyin com marcas de tom, em vez de caracteres chineses. Digite 1, 2, 3 ou 4 depois de cada sílaba para adicionar uma marca de tom - assim como as pessoas têm entrado em Pinyin desde os dias dos caracteres ASCII:
Características principais:
Usa o Text Services Framework, por isso funciona em todos os lugares em que o Microsoft Pinyin IME funciona. Incluindo aplicativos desktop e universais.
Usa a composição de texto in-line, assim como os IMEs da Microsoft. Isso significa que ele se comporta bem em aplicativos com reconhecimento de TSF - por exemplo, ao inserir, o texto é refluído à medida que você digita.
Automaticamente coloca marcas de tom na vogal correta em uma combinação, de acordo com as regras da ortografia Pinyin. (por exemplo, hao3 se torna hǎo - com a marca de tom no "a" e não no "o")