Para sua informação, isso pode acontecer mesmo se o link do marcador não tiver uma ação "Nível de zoom". No meu caso (Acrobat Pro 9.5.5), isso aconteceu porque cada marcador é vinculado a um destino e os próprios destinos aparentemente têm o nível de zoom Ajustar largura.
Eu verifiquei isso clicando duas vezes em um Destino (no painel de navegação Destinos) para abri-lo, alterando minhas configurações de zoom para Ajustar à página e clicando com o botão direito do mouse em Destino e selecionando Definir destino. Posteriormente, esse marcador específico resultou em Ajustar página, enquanto os outros ainda resultaram em Ajustar largura.
Eu resolvi isso com um plugin bacana PubHelper, que não é mais mantido, mas funcionou para mim: http://pubhelper.blogspot.com/ . Selecionei todos os favoritos e, em seguida, PubHelper-> Favoritos-> Para herdar o zoom.
BTW, não acho que esse problema seja específico para a opção "Ajustar largura". Acho que é um problema geral em que os favoritos podem substituir as configurações atuais de zoom do usuário.