Camadas e agrupamentos nunca pareciam fazer diferença para mim (ainda assim redirecionavam os conectores de qualquer maneira), mas alterar o comportamento de roteamento do objeto colocado fazia. Para o Visio 2010 e 2013, a caixa de diálogo Comportamento está infelizmente e desnecessariamente oculta por padrão. Você precisa personalizar a faixa de opções ( File > Options > Customize Ribbonou apenas clicar com o botão direito do mouse na Ribbon > Customize Ribbon), clicar na marca de seleção ao lado do item Desenvolvedor na visualização em árvore à direita para ativá-la e clicar em OK. Em seguida, selecione a forma que você deseja colocar em camadas antes e atrás, clique Behaviorna faixa de Developer>Shape Design>Behavioropções ( ) e, na guia Colocação na lista suspensa Comportamento do posicionamento, escolha Do not lay out and route around.