Quando você altera a fonte dessa maneira, pode receber uma mensagem informando que a janela ativa não será atualizada. Resolução: abra-o novamente. (Por que eu menciono isto é que se você apenas pressione Ok na mensagem que você não vai recebê-lo novamente e um dia mais tarde você vai ter esquecido E Google e encontrar este comentário...)
Toda vez que eu configuro o WinMerge, preciso procurar essa configuração. Gostaria de saber por que as configurações de fonte não fazem parte das opções do WinMerge encontradas em "Editar" -> "Opções".