A proteção por senha da pasta não será muito útil se eles puderem fazer login como administrador e reivindicar a propriedade do diretório.
Sugiro instalar o TrueCrypt e usá-lo para criar um volume criptografado baseado em arquivo. Em seguida, coloque o diretório do DropBox dentro dele e somente as pessoas que conhecem a senha de descriptografia podem acessá-lo.
Observe que eles podem facilmente instalar um keylogger no seu PC para aprender sua senha de descriptografia sem o seu conhecimento.
Além disso, o aviso de isenção de responsabilidade necessário: verifique com seu departamento de TI e não faça nada contrário à política de TI estabelecida. Muitas vezes, as organizações desaprovam o uso pessoal da propriedade e do trabalho de trabalho (seu PC) e recursos (a largura de banda usada para baixar / carregar no DropBox), portanto, verifique se você não está violando nenhuma regra que possa causar problemas.