problema com a instalação do RODBC no Ubuntu

Estou com um problema com alguns cabeçalhos ausentes ao tentar instalar o RODBC no R no meu linux. Alguém pode me ajudar com essa questão?

> install.packages("RODBC")

Installing package(s) into ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’
(as ‘lib’ is unspecified)

trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/RODBC_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1108358 bytes (1.1 Mb)

opened URL
==================================================
downloaded 1.1 Mb

* installing *source* package ‘RODBC’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for egrep... grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking sql.h usability... no
checking sql.h presence... no
checking for sql.h... no
checking sqlext.h usability... no
checking sqlext.h presence... no
checking for sqlext.h... no
configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found"
ERROR: configuration failed for package ‘RODBC’
* removing ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/RODBC’
Warning in install.packages :
  installation of package 'RODBC' had non-zero exit status

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpqfNYpD/downloaded_packages’

Como Dirk disse nos comentários, se você já instalou o r-cran-rodbc, não há necessidade de executar o install.packages () a partir do R. "library (RODBC)" deve carregar o pacote.

De maneira mais geral, quando você vê erros em relação aos cabeçalhos, é porque uma biblioteca de desenvolvimento necessária não está instalada. A solução é pesquisar na web usando os nomes dos arquivos de cabeçalho ausentes ( por exemplo, Google "sqlext.h ubuntu"), para identificar o pacote necessário. Nesse caso, você precisa do libiodbc2-dev. Tão:

sudo apt-get install libiodbc2-dev

Em seguida, a instalação no R deve funcionar.

Você realmente precisa construir a partir da fonte? Por que você não usa o pacote binário?

Então, talvez tente isso:

  sudo apt-get install r-cran-rodbc

ou use qualquer um dos front-ends da GUI para o sistema de gerenciamento de pacotes.

Depois de tentar instalar pacotes de todas as soluções deste site e de outros, consegui criar o RODBCpacote usando:

sudo apt-get install unixodbc unixodbc-dev

Eu também instalei:

• libiodbc2-dev
• libmyodbc
• odbc-postgresql

FWIW, tive o mesmo problema ("ODBC headers sql.he sqlext.h não encontrado") no OS X, e o corrigi instalando o unixodbc ( brew install unixodbc)

O RODBC depende de R (> = 3.0.0 (veja, por exemplo, https://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/RODBC.pdf )

Sua biblioteca de pacotes local ...

Installing package(s) into '/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12'

... sugere que você pode ter uma versão mais antiga do R instalada (2.12). Se for esse o caso, tente atualizar para uma versão recente do R.

Eu também tive esse problema. Para mim, a solução foi a falta de algumas dependências do Ubuntu , como

• unixodbc (> = 2.2.11)
• libmyodbc
• odbc-postgresql

É digno de nota que install.packages("RODBC", dependencies=TRUE)se não pegar esses pacotes. Eles estão fora de Rsi.