A questão real é sobre a manutenção de aplicativos já reunidos em uma unidade externa. Isso parece um exemplo de gerenciamento de patches. No entanto, uma abordagem (ruim, em retrospectiva) é reorganizar o aplicativo, por meio de uma ferramenta de virtulização do aplicativo.
O Xenocode (licenciado pela Novell como Zenworks Application Virtualization) cria um produto que permite a você pegar um aplicativo do Windows e, se possível, criar um EXE monolítico independente para ele. Possui um sistema de arquivos virtual e um registro dentro de seu invólucro.
Eles incluíram o IE6 para que ele possa ser executado no Vista e em outros sistemas operacionais mais recentes. Tecnologia muito legal.
Portanto, se você não conseguir encontrar uma versão criada por alguém, faça a sua, o mundo é sua ostra!