Bem, tipo isso. O controle de velocidade do ventilador é feito variando a tensão ou através da modulação por largura de pulso (usando uma tensão constante e cortando-a em pulsos para variar a velocidade). Se você está conectado a uma placa-mãe, é o que faz. Se tiver três fios, o terceiro fio informa à placa-mãe qual é a velocidade que o ventilador está executando. Se você possui um quarto fio, o controle de velocidade do ventilador é feito via PWM, em vez do controle de tensão.
Você pode conectar uma ventoinha de 2 fios a um conector de 3 ou 4 fios (apesar de perder o retorno de velocidade) e uma de 3 fios a um conector de 4 fios (onde você perde o controle PWM). Você também pode usar um controlador de ventilador para controlar as velocidades.
Caso contrário, supondo que a fonte de energia não saiba que é uma ventoinha (como seria conectada através do molex, por exemplo), e que esteja com uma tensão fixa, sim, é a toda velocidade o tempo todo.