Eu não usei o GDS, então estou apenas lançando algumas idéias aleatórias aqui.
O que o GDS indexa? Documentos? Página estática da Web (arquivos .html) no seu disco?
Essas perguntas estão surgindo ... Se você pode expor os dados do OneNote como um dos formatos indexados pelo GDS, provavelmente será capaz de fazer com que o GDS o indexe. Por exemplo, você pode ter um trabalho cron que verifique seu banco de dados do One Note a cada X minutos e execute algo (como um script do PowerShell) que grave / exporte os dados do One Note como arquivos HTML para uma pasta no disco rígido que o GDS poderia depois indexe.
Essa ideia de solução é péssima em muitos níveis (duplicação de dados, trabalhos cron, dados atualizados apenas a cada X minutos, etc.), mas pode funcionar.
Boa sorte.