Muitos dos exemplos dados aqui são válidos, mas funcionariam igualmente bem com links flexíveis (por exemplo, o problema "preciso de um arquivo em vários locais").
Um bom exemplo de onde os links físicos são realmente úteis é o software de backup Dirvish :
O Dirvish é um sistema de backup de rede rotativo, rápido, baseado em disco.
Com o dirvish, você pode manter um conjunto de imagens completas de seus sistemas de arquivos com criação e expiração autônoma. Um cofre de backup sujo é como uma máquina do tempo para seus dados.
O Dirvish cria backups no nível do sistema de arquivos (ou seja, copia arquivos, não cria imagens), copiando arquivos para um sistema de arquivos (backup) separado (como um disco rígido USB). Cada vez que você faz um backup, o dirvish cria uma cópia completa e separada da árvore de diretórios a ser salva.
O truque é que, se o dirvish detectar que já existe uma cópia de backup mais antiga da árvore que você está salvando, reutilizará automaticamente os arquivos que não foram alterados, criando um link físico na nova árvore para o arquivo na árvore antiga.
Dessa forma, cada cópia de backup é uma cópia completa e independente da árvore de diretórios, mas, ao mesmo tempo, apenas os arquivos alterados ocupam espaço no sistema de arquivos. Em outras palavras, você obtém os benefícios de backups incrementais (economia de espaço) e backups completos (recuperação fácil) ao mesmo tempo.
Isso só é possível porque os links físicos são completamente transparentes às ferramentas do espaço do usuário.
Provavelmente, isso também funcionaria com links simbólicos (embora você tenha problemas ao fazer backup de dados que usam os links simbólicos), mas uma vantagem possível apenas com links físicos é:
Se você quiser jogar fora os backups antigos, basta excluir a árvore de diretórios de backup correspondente. Os arquivos vinculados somente a essa árvore são excluídos automaticamente pelo sistema de arquivos (porque seu último vínculo físico é excluído), mas os arquivos que também aparecem em outras cópias permanecem no disco.