Provavelmente isso não está correto, mas algo dessa maneira deve funcionar.
REGEDIT4
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD]
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD\shell]
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD\shell\open]
[HKEY_CLASSES_ROOT\foo\shell\open\command]
@="\"C:\\Program Files\\Application\\HxD.exe\" \"%1\""
Fazer (algo como) isso deve adicionar um menu de contexto (mas que pode não estar lá no que eu postei?) Que deve ser exibido para cada tipo de arquivo, permitindo que você abra o arquivo com o HxD.
O Vim faz isso fornecendo um menu de contexto "Editar com o Vim" para todos os tipos de arquivo.
(Existem outras chaves do Registro nas quais o mesmo tipo de coisa também pode ser realizado.)
Alguém com mais conhecimento deve poder encontrar a solução de trabalho real.