Os utilitários SFUA não são os mesmos que os GNU. Eles são amplamente incompatíveis e apenas implementam um subconjunto muito pequeno das funções Posix.
Há poucos utilitários que veriam qualquer ganho do endereçamento de memória do Win64 são os mais recentes relacionados à compactação. A maioria deles possui o Win64 disponível no site do projeto. Basta usar essa versão em seu lugar.
Quanto às bibliotecas, se você as estiver usando em um projeto, recomendo que você mesmo crie a dll se não estiver disponível em outras páginas. Eu recomendo contra a atualização das bibliotecas de dll que vieram com outros projetos. Há uma razão pela qual eles enviaram a versão que eles fizeram. Basta obter uma versão atualizada de todo o pacote se você precisar resolver um problema na dll.