Esta resposta é antiga, mas parece ainda receber tráfego. Como observado abaixo, agora existe uma ferramenta integrada no Windows:
Iniciar → Todos os programas → Acessórios → Ferramentas do sistema → Monitor de recursos (ou Executar resmon.exe)
Você pode obter mais informações nas respostas abaixo desta. O restante desta resposta não é mais tão relevante.
O Process Explorer da Sysinternals permitirá pesquisar nas alças e nas DLLs. Procure o diretório e descubra qual processo está "usando" a pasta.
A partir daí, você pode encerrar esse processo ou simplesmente fechar esse identificador de arquivo específico. Certifique-se do que está fazendo ao trabalhar com o identificador de arquivo diretamente e verifique se ele não está sendo usado por algum processo importante.