Respostas:
Depois de pesquisar um pouco mais no fórum de caixas virtuais, descobri que há um tipo de disco rígido virtual não afetado por instantâneos: o writthrough.
Para converter o disco, primeiro tive que desconectar qualquer disco diferencial conectado a ele e, em seguida, executá-lo na linha de comando:
VBoxManage.exe modifyhd & lt; caminho para o arquivo vdi & gt; - tipo de escrita
Depois disso, tudo parece funcionar bem.
Não sei se há uma maneira de fazer isso ou não, mas é provavelmente mais fácil usar o Guest Additions para montar uma pasta do sistema operacional host como / home, assim, qualquer alteração nos dados não será afetada pelo instantâneo.