Respostas:
John Guin, da Microsoft (MSDN), escreveu uma ferramenta de importação capaz de lidar com isso.
Sua correção de bug postou com algumas capturas de tela: " Atualizando o Importador de Arquivo de Texto do OneNote " http://blogs.msdn.com/b/johnguin/archive/2009/02/23/updating-the-onenote-text-file-importer. aspx
E o link para a postagem original com o código atualizado que você pode instalar: http://blogs.msdn.com/b/johnguin/archive/2007/04/30/customer-feedback-results-in-another-powertoy. aspx
Caso alguém ainda estivesse tentando fazer isso usando o OneNote 2016, percebi que o Evernote permite definir uma pasta de importação e importará arquivos de texto como notas, com o título como a primeira linha. Você pode usar a ferramenta de importação Evernote para Onenote. A ferramenta vinculada acima não funciona mais com novas versões, pelo que sei.
Se você ainda estiver procurando uma maneira de fazer isso com o OneNote 2016 e tiver uma conta do OneDrive disponível, poderá usar o fluxo "Criar uma página do OneNote para cada novo arquivo criado no OneDrive" para automatizar esse processo:
Observe que este modelo de fluxo não tenta fazer operações em lote ou respeita o limite de limitação; portanto, você terminará com várias execuções com falha :(