É triste que, do lado do Windows, o Excel tenha se tornado o editor padrão de arquivos CSV, mesmo que ele faça um trabalho abaixo do esperado. Tive a mesma experiência que você quando mesclava duas planilhas de contatos e as importava para o Google.
O problema que você está enfrentando é que, como os arquivos CSV não contêm metadados de formatação, o Excel carrega o arquivo de texto com todos os formatos padrão. Se ele detectar a data do carregamento, adivinhe? Se detectar zeros à esquerda, adivinhem?
Eu desisti do Excel. E você deveria também!
O acesso é uma ferramenta muito melhor. Por um lado, o Access, por padrão, importa todos os dados como texto. Ele não formata truques, a menos que você o solicite. Segundo, ele formata os CSVs corretamente, permitindo que você rodeie todos os campos entre aspas. Tudo isso deixa espaços principais intocados. Espalhe a palavra.
Salva vidas!! Espalhe a palavra!! Não use o Excel para CSVs !!! Use o Access !!