É um ocasionalmente encontrado algo conhecido?
Uma explicação do comportamento está aqui , completa com uma possível solução alternativa.
Resumo: Ele vem da maneira como o NTFS lida com nomes de arquivos curtos (8.3), para compatibilidade com coisas mais antigas que não podem lidar com nomes longos de arquivos "novos e com muitos fãs". dir /xpode ser usado para visualizar o nome do arquivo curto, da seguinte maneira:
C:\>dir /x *~*
...
02/25/2011 08:18 AM <DIR> DOCUME~1 Documents and Settings
05/28/2011 12:02 AM <DIR> PROGRA~1 Program Files
...
Extensões com mais de três caracteres serão simplesmente truncadas para o nome de arquivo curto; por isso .txt1, .txtxtxtxt, .txt_file, etc, todos se tornam .txt.