O Ext3 está começando a envelhecer no que diz respeito aos recursos e desempenho, mas há uma grande vantagem na maturidade: estabilidade. Se você pretende manter o sistema por um longo tempo ou armazenar arquivos importantes nele, eu usaria o ext3. Não estou dizendo que o ext4 é instável, estou apenas dizendo que o ext3 é realmente muito assustadoramente estável;)
Se você é apenas um usuário comum de desktop, isso realmente não importa, porque o cache terá MUITO MAIS impacto no desempenho do que qualquer estrutura interna. A única grande vantagem do ext4 é quando você pretende armazenar muitos arquivos grandes e deseja formatar sua partição com o ext4 com extensões. Outra grande vitória do ext4 é se você for forçado a armazenar arquivos grandes (> 32000) por diretório.