Cada fragmento deve ser rastreado em algum lugar. Isso ocupa espaço de armazenamento (no encanamento do sistema de arquivos, não nas coisas que você deve acessar diretamente).
Um exemplo: suponha que você tenha um único arquivo com 1000 fragmentos. Assim, seu arquivo é armazenado através de uma coleção de blocos aleatórios. Em vez de em um único bloco contínuo. Isso significa que o arquivo fragmentado requer 1000x mais espaço de armazenamento no encanamento do sistema de arquivos, mesmo que apenas para armazenar endereços para cada fragmento. O encanamento do sistema de arquivos mantém pequenos dicionários / bancos de dados / mapas / tabelas / lista no local de cada fragmento do arquivo. Portanto, para o encanamento do sistema de arquivos, armazenar uma lista de um ponteiro de fragmento único não precisa de muito espaço, em comparação com uma lista de 1000 ponteiros de fragmento.
Mas ei, talvez eu esteja errado ...
Editar: informações de suporte a partir daqui :
Quando um fluxo de dados não residente é muito fragmentado, para que seu mapa de alocação efetivo não possa caber inteiramente no registro MFT, o mapa de alocação também pode ser armazenado como um fluxo não residente, com apenas um pequeno fluxo residente contendo a alocação indireta mapear para o mapa efetivo de alocação de não residentes do fluxo de dados não residentes.
Tradução: se você tiver uma fragmentação pesada, as suposições gerais de caso do encanamento do sistema de arquivos não serão aplicadas. Como tal, o FS deve tomar medidas para acomodar a fragmentação e acabar custando espaço de armazenamento extra, apenas para gerenciar os fragmentos. Exatamente meu palpite desde o início.
Edit: Dado o exposto, ainda parece que 10 GB sendo perdidos apenas para fragmentação de arquivos é uma loucura. Aposto que, durante a desfragmentação, você teve uma corrupção comum no sistema de arquivos que foi corrigida automaticamente. Penso que você não apenas teve uma fragmentação maciça, mas também arquivos parcialmente excluídos, ocupando espaço de armazenamento. Seria bom ver um log do scandisk desse desfragmentador (ou uma execução do scandisk antes do desfragmentador)